Для ограничения доступности компаний по доменам необходимо:

• зайти на страницу Магазин -> Настройки -> Компании
• открыть на редактирование необходимую компанию
• добавить правило по домену (филиалу/представительству)

Кроме того, компания для домена может быть автоматически создана при редактировании домена (филиала) при установке соответствующей галочки на странице редактирования домена.